教程(十四):GaussView使用技巧-在质心添加原子或分子

发表时间:2021-04-15 13:33作者:李宏平/绎模科技

GaussView使用技巧-在质心添加原子或分子



(一)引言

  • GaussView中有很多功能,但我们平时在使用时用到的功能较少。本系列将结合笔者多年的使用经验,介绍GaussView的使用技巧。

  • 要在材料的中心(或某一区域的中心)添加原子(或分子)时,如何精准、有效构建所需要的模型呢?本文将以足球烯(C60)及其衍生物为例,介绍如何在其中心位置放入所需要的原子(或分子)

(二)建模过程                           

  1. C60及其十二烷基取代衍生物的构建

  • 软件版本GaussView6

  • 首先画出C60,此步较为简单,只需要在GaussView环状结构数据库 中找到即可(右下角)。其次,在其中一个C原子上接上12烷基。结构如下:



14-1.jpg

14-2.jpg

C60及其十二烷基取代衍生物结构



   

   2. 在C60质心添加Fe原子和H2O分子。

  • GaussView 6中有一个功能就是实现在质心添加原子或分子。在如下位置:

14-3.jpg

质心添加原子或分子功能键



  • 对于C60,我们现在预建模窗口先选好Fe原子或H2O分子,然后点击上面介绍的BuilderàPlace Fragment atCentroid of Selected Atoms功能,就能在C60分子结构中精准添加原子或分子。如下图所示:

14-4.jpg


质心添加原子或分子时的预览窗口和结构图




  • 对于C60的十二烷基取代衍生物结构,如果按上述方式添加原子或分子,则所添加的原子或分子不会出现在C60中心,而是出现在整个衍生物的质心。此时,我们需要通过“特定选择”功能 ,只选中C60部分,这样就可以达到目的,如下图:

14-5.jpg



(a)   未使用“特定选择”功能时添加原子的位置及结构

(b) 使用“特定选择”功能,选择C60区域

(c)(d) 使用“特定选择功能”之后添加的Fe原子和H2O分子的位置及其分子结构。


  • 上述方法在构建不同参杂、包覆材料或者催化剂活性中心时具有快速、精准的特点,希望读者能够在实际研究中灵活运用。








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