GMMX构象搜索
(一)引言:
GaussView6 可以使用新增GMMX模块进行构象搜索。
一旦GMMX 搜索完成,所有的构象信息将会列出,你可以使用GaussView 6以单个分子组形式打开和查看。同样,你可以查看这些构象的能量。对于大部分研究者来说这是一个非常重要的功能。
本文将以丙三醇(甘油)为例,讲解如何使用GMMX进行构象搜索,继而使用第一性原理方法进行优势构象筛选。
(二)计算过程:
1. 分子建模
软件版本Gaussian16, GaussView6。使用GaussView6 构建丙三醇分子,如下图:
下图左边是构建的初始结构,为了有个良好的初始构型,先使用半经验量子力学PM6方法对其进行结构优化,得到较好的初始构型(下图右)。可以看出,经过PM6方法优化后的结构和最开始画的结构(下图左)有明显区别。
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丙三醇的初始结构 | PM6优化后的丙三醇结构 |
GMMX界面及功能
2. 构象搜索计算
丙三醇构象搜索结果文件及所有构象
3. 能量曲线
4. 使用Gaussian16 中的DFT方法进行最终构象确定(B3LYP/6-31G(d))
输入文件的批量编辑(a)
点击submit选项提交,会让你保存输入文件,此时点击 Advanced,出现如下界面:
在Save Molecule Group选项中选择“Yes, separate file for eachmolecule”,给每个构象建立独立文件;此外在Actions选项中选择给每个构象文件增加一个独立编号,这样所有的构象就有一一对应的输入文件了。
(三)知识背景: