Gaussian中级3班 — ONIOM计算设置和研究应用

发表时间:2021-03-28 19:42

Gaussian中级3班

ONIOM计算设置和研究应用

(含Amber设置)

课程等级:中级(提高)

时间:2021年7月17-18日

地点:在线授课



课程目的

如何解决复杂化学环境下(比如蛋白体系,溶液体系等)的计算化学相关问题,深入探讨复杂化学环境下对化学结构、性质以及反应机理等的影响?量子化学计算与实验结果之间的区别就是量子化学计算难以考察复杂环境下对分子结构、性质、反应机理等的影响。

例如:如何模拟蛋白质分子化学反应,如何考察各种溶剂对化学反应的影响?


Morokuma教授及其合作者发展了ONIOM方法。这是一种目前被广泛使用的处理大分子体系的杂化方法。在ONIOM方法中,分子被分成几个区域,体系最重要的区域使用高精度的量子化学方法,而其他区域使用耗时较少的方法。ONIOM方法在复杂体系中实现精度与计算低成本之间建立了可行性,并且模拟了真实化学环境的复杂性(如溶剂、电荷、空间位阻等)。因此和普通计算方法相比,ONIOM方法有着更为复杂的任务设置要求。


本课程李晓松教授将从ONIOM与溶剂化效应基本原理出发,详细讲述复杂化学环境下如何考察各种溶剂对化学反应的影响,如何考虑计算方法、相关技巧和解决问题的手段。并从国际权威期刊中筛选最具代表性的课题进行分析,设计相关习题。

学员要求:已了解和掌握ONIOM与溶剂效应计算想提升科研论文水平和质量,想深入了解和掌握ONIOM分层计算方法在生物大体系中的应用,溶剂效应模型原理、使用方法、溶剂选择等领域研究的科研工作者。


课程内容

一、ONIOM方法的基本原理,计算方法,技巧,经验,和解决问题的办法

  • 广义QM/MM与ONIOM的区别

  • 如何对一个大体系分层

  • 层与层之间的不同作用力的处理

  • ONIOM结构优化的出错信息与解决方法

  • ONIOM模拟溶剂与PCM溶剂模型的区别

  • mechanical embedding与electrostaticembedding的区别

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二、案例分析与上机实例 (从最新发表的前沿课题里面摘选)

  1. Rhodopsin的ONIOM模型构造, 构象优化,过渡态查找

  2. ONIOM的激发态计算

  3. ONIOM中Amber参数的设置

  4. Vitamin-B6辅酶的催化机理

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课程日期:2021年7月17-18日

课程时间:上午9:00-11:30;下午14:00-17:00

授课方式:在线授课(开课前一天课程群内发送教室链接和密码)

课程费用:¥1700元/人/班 (含税,开具增值税普通发票)

开票内容:会议费

报名截止时间:2021年7月12日


福利:1、老学员:¥1600.00/人/班。

           2、报2门或以上课程,每门课程减100元。并赠送美国Gaussian公司出版的《探索化学的奥秘:电子结构方法第三版》一本。

           3、转发此通知至朋友圈点赞20个或30人以上相关群,截图后发给工作人员即可再优惠100元!

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报名方式:

1报名方式:点击“在线报名”,填写报名表后,扫描二维码联系工作人员,确认付款后加入课程交流群。

                      ”扫描二维码,申请入群“    

                         “姓名+单位”申请

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2、开票信息和邮寄地址,务必填写准确,确保您及时收到发票。


付款方式:

方     式1:银行汇款

户  名:上海洁洋软件有限公司

账  号:1001177409300015628

开户银行:中国工商银行上海曲阳商务中心支行

银行行号:102290017740

汇款备注:姓名+会议费


方     式2:支付宝    汇款后提供汇款凭证做确认

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授课讲师:


李晓松

华盛顿大学化学系副主任、杰出教师、讲席教授。2005年被聘为华盛顿大学助理教授,2011年晋升为副教授,2015年晋升为正教授。并于2017年荣获Harry and Catherine Jaynne Boand讲席教授殊荣。曾获得斯隆研究奖(Sloan Research Fellowship)、美国国家科学基金会奖(NSFCAREER Award)和ACS Open-Eye杰出青年教师奖。2020年荣获华盛顿大学“杰出教育奖”,获得500多名在校学生的一致好评,学生对他的教学评价:“课程很有挑战性,但晓松的教学方式使这门课变得很有趣,扩展了我的思维,让我以一种新的方式去理解和思考问题”。

Gaussian软件几何优化(OPT)、含时密度泛函理论(TDDFT)、自洽场算法(SCF)、波恩-奥本海默分子动力学(BOMD)、激发态振动频率(FREQ)、埃伦费斯特(Ehrenfest)动力学、X射线光谱学及相对论电子结构优化的开发者

主要研究方向:发展和运用含时相对论和非相对论电子结构理论来研究激发态化学过程。这是研究能量转换、光催化和超快光谱的基础。任职以来,发表论文200余篇及参与发布了多个量子化学软件包(Gaussian03、Gaussian 09、Gaussian 16、Chronusq),文章被引6000余次,软件被引125000余次,受邀演讲200余次。


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