教程(十四)：GaussView使用技巧-在质心添加原子或分子

GaussView使用技巧-在质心添加原子或分子

（一）引言：

• GaussView中有很多功能，但我们平时在使用时用到的功能较少。本系列将结合笔者多年的使用经验，介绍GaussView的使用技巧。

• 要在材料的中心(或某一区域的中心)添加原子(或分子)时，如何精准、有效构建所需要的模型呢？本文将以足球烯(C₆₀)及其衍生物为例，介绍如何在其中心位置放入所需要的原子(或分子)。

（二）建模过程：                           

1. C₆₀及其十二烷基取代衍生物的构建

• 软件版本GaussView6

• 首先画出C₆₀，此步较为简单，只需要在GaussView环状结构数据库中找到即可（右下角）。其次，在其中一个C原子上接上12烷基。结构如下：

  
  

  
  

C₆₀及其十二烷基取代衍生物结构

   2. 在C₆₀质心添加Fe原子和H₂O分子。

• 在GaussView 6中有一个功能就是实现在质心添加原子或分子。在如下位置：

质心添加原子或分子功能键

• 对于C₆₀，我们现在预建模窗口先选好Fe原子或H₂O分子，然后点击上面介绍的BuilderàPlace Fragment atCentroid of Selected Atoms功能，就能在C₆₀分子结构中精准添加原子或分子。如下图所示:

质心添加原子或分子时的预览窗口和结构图

• 对于C₆₀的十二烷基取代衍生物结构，如果按上述方式添加原子或分子，则所添加的原子或分子不会出现在C₆₀中心，而是出现在整个衍生物的质心。此时，我们需要通过“特定选择”功能，只选中C₆₀部分，这样就可以达到目的，如下图：

(a)   未使用“特定选择”功能时添加原子的位置及结构 ；

(b) 使用“特定选择”功能，选择C₆₀区域 ；

(c)(d) 使用“特定选择功能”之后添加的Fe原子和H₂O分子的位置及其分子结构。

• 上述方法在构建不同参杂、包覆材料或者催化剂活性中心时具有快速、精准的特点，希望读者能够在实际研究中灵活运用。